Beato Paus Urbanus II dilahirkan sekitar tahun 1042 di Lagery (dekat kota Châtillon-sur-Marne) Perancis. Nama babtisnya adalah Odo de Lagery. Dia berasal dari keluarga ningrat Perancis dan memperoleh pendidikan yang baik. Pada usia muda ia masuk biara Benediktin di Cluny dan ditahbiskan menjadi imam beberapa tahun kemudian. Kecerdasannya membuat biarawan benediktin ini di panggil ke Roma untuk membantu Paus Santo Gregorius VII, yang juga seorang Benediktin, yang sedang melaksanakan reformasi dalam tubuh Gereja.

Sukses membantu Paus Gregorius dalam reformasinya; Odo kemudian ditunjuk menjadi Uskup di Ostia Italia; dan selanjutnya diangkat menjadi Pangeran Gereja (Kardinal). Setelah Paus Viktor III (penerus Paus Gregorius VI) meninggal dunia, para Kardinal dengan suara bulat menunjuk Kardinal Oddo de Legary sebagai Paus yang baru. Ia kemudian ditahbiskan pada tanggal 12 Maret 1088 dan menggunakan nama : Urbanus II.

Masa kepausannya memiliki arti yang sangat penting dalam sejarah Gereja dan dunia. Dalam beberapa abad sebelumnya, Gereja menghadapi bahaya kehancuran akibat invasi bangsa muslim. Wilayah-wilayah umat Kristen satu demi satu direbut melalui peperangan yang berdarah oleh bangsa Arab Muslim. Pada awal abad ketujuh wilayah kerajaan Kristen Byzantium di Timur Tengah jatuh ketangan mereka. Di pertengahan abad ke delapan, seluruh wilayah Afrika Utara telah mereka kuasai. Di tahun 1070 Kota Yerusalem jatuh ke tangan bangsa Muslim Turki, dan tahun 1071, kaisar Yunani, Diogenes dikalahkan. Daerah Asia kecil dan Syria menjadi mangsa bangsa Turki selanjutnya, lalu kota Antiokhia dikalahkan pada tahun 1084. Menjelang tahun 1092 semua kota- kota metropolitan Kristen di Asia telah jatuh ketangan mereka.

Bahaya invasi ini membuat para kaisar Romawi Timur di Konstantinopel melupakan skisma yang memisahkan Konstantinopel dan Roma pada tahun 1054 (Skisma Katolik – Orthodox), dan memohon bantuan dari Paus di Roma. Di tahun 1073 Kaisar Michael VII menyurati Paus Santo Gregorius VII untuk memohon bantuan. Paus memikirkan untuk mengirimkan pasukan ke Timur untuk mengembalikan kesatuan umat Kristen, mengusir keluar bangsa Turki dari tanah Kristen, dan menyelamatkan Gereja Makam Suci (Holy Sepulchre) tempat Tuhan Yesus pernah dikuburkan. Namun ide ini tidak bisa ia wujudkan pada masa kepemimpinannya. Paus Urbanus II sebagai penerusnya, dan yang pernah menjadi pembantu utamanya, bertekad untuk melanjutkan rencana Paus Gregorius VII.

Pada awal bulan November 1095 bapa Paus Urbanus II menggelar Konsili Clermont di Prancis Selatan yang dihadiri bukan saja oleh Para Uskup dan Para Kepala Biara, tapi juga kaum bangsawan, para ksatria dan rakyat sipil. Pada pertemuan yang diadakan di tempat terbuka itu, Paus menyerukan kepada para Raja Kristen di Eropa untuk melupakan pertikaian diantara mereka dan berdamai satu sama yang lain agar memusatkan kekuatan militer mereka untuk membela Kekristenan dari ancaman kepunahan akibat invasi bangsa Muslim. Jawaban dari para hadirin sangat antusias dan menyerukan "Deus Vult!" (Tuhan menghendakinya!)

Pada tanggal 27 November 1095 bapa Paus mengeluarkan dekrit untuk membebaskan wilayah – wilayah umat Kristen yang telah diduduki oleh bangsa Muslim, dan membebaskan orang- orang Kristen saat itu yang berada dalam penganiayaan oleh kaum Muslim di Timur Tengah. Dekrit itu sendiri tidak bernada agresif, melainkan hanya demi mempertahankan diri dari kepunahan. Maka terjadinya Perang Salib, yang memakan korban banyak jiwa. Memang bukan kondisi ideal, namun nampaknya saat itu bapa Paus tidak mempunyai pilihan lain, mengingat kondisi yang sudah sangat genting yang mengancam eksistensi dunia kekristenan itu sendiri, dan juga sebagai langkah melindungi para peziarah dan tempat-tempat suci bersejarah di daerah Yerusalem dan sekitarnya. Maksud ini didukung juga oleh umat Kristen yang juga mempunyai keprihatinan yang sama; sebab jika tidak demikian, tidak mungkin hal ini memperoleh dukungan yang luas dari kalangan masyarakat Kristen di Eropa.

Perang salib yang berlangsung dalam delapan episode (sebagian mengatakan 9 episode) selama hampir dua abad (1095 – 1270), kenyataannya gagal merebut kembali wilayah-wilayah kristen yang diduduki bangsa muslim. Namun suatu hal yang pasti, perang ini telah berhasil menggagalkan upaya mereka untuk menghancurkan Kekristenan. Dapat dibayangkan jika saat itu Paus Urbanus II tidak bertindak, bukannya tidak mungkin, agama Kristen tidak akan eksis seperti sekarang dan hilanglah semua bukti tentang keberadaan Tuhan Yesus dalam sejarah manusia. Mungkin juga hilanglah semua kitab-kitab suci yang pada waktu itu disimpan di gereja-gereja/ biara-biara di sekitar Yerusalem. Tanpa perang salib; Roma, mungkin akan bernasib seperti Konstantinopel. Tanpa perang salib, umat Kristen tidak akan dapat berziarah ke tempat- tempat suci di Yerusalem seperti saat ini.

Paus Urbanus II tutup usia pada tanggal 29 Juli 1099, tepat dua minggu setelah kota Yerusalem direbut oleh para Crusaders pada tanggal 15 juli 1099.  Ia di beatifikasi oleh Paus Leo XIII pada tahun 1881 dan pestanya dirayakan sesuai hari kematiannya yaitu 29 juli.